대상 감염병 가) 제1급감염병: 에볼라바이러스병, 마버그열, 라싸열, 크리미안콩고출혈열, 남아메리카출혈열, 두창, 페스트, 신종감염병증후군, 중증급성호흡기증후군(SARS), 중동호흡기증후군(MERS), 동물인플루엔자 인체감염증, 신종인플루엔자, 디프테리아, 니파바이러스감염증 나) 제2급감염병：결핵, 홍역, 콜레라, 폴리오, 수막구균 감염증
입원치료 환자범위 가) 제1급 감염병: 환자 및 의사환자 * 해당 감염병 관리지침에 따라 조사대상 유증상자, 조사대상 의심환자는 필요시 * 동물인플루엔자 인체감염증의 경우 의사환자는 필요시 * 신종인플루엔자의 경우 질병관리청장이 정하는 기간 동안의 환자 및 의사환자 나) 제2급 감염병
콜레라:환자, 의사환자, 병원체보유자
홍역, 폴리오, 수막구균 감염증:환자 및 의사환자
결핵:다제내성(광범위약제내성 포함) 전염성 호흡기 결핵환자*, 치료 비순응 환자 등** *결핵예방법 제15조에 따라 특별자치도지사 또는 시장･군수･ 구청장이 동거자 또는 제3자에게 결핵을 전염시킬 우려가 있다고 인정한 경우 *신속내성검사 및 X-pert검사 결과 리팜핀 내성의 경우도 다제내성결핵으로 간주하여 입원 명령 가능 ** 진료 의사가 입원명령이 필요하다고 판단하고 시･도지사 또는 지자체장이 승인한 경우